当约定管辖违反级别管辖时，应当在约定区域内按级别管辖标准重新确定管辖法院。
具体来说：
约定管辖的效力：根据《民事诉讼法》的相关规定，当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖。但此约定不得违反级别管辖和专属管辖的规定。
级别管辖的划分：级别管辖是法院系统内部上下级法院之间关于第一审案件受理权限和分工的划分。不同级别的法院受理案件的范围和标的额是有区别的。
违反级别管辖的处理：如果当事人在约定管辖时违反了级别管辖的规定，即选择的法院级别与案件应当受理的法院级别不符，那么该约定管辖条款在级别管辖上是无效的。但此时并不意味着整个约定管辖条款都无效，而是应当在约定的地域范围内，根据级别管辖的标准重新确定管辖法院。
例如，如果当事人在合同中约定由某基层法院管辖，但案件标的额超出了该基层法院的受理范围，那么该约定在级别管辖上是无效的。此时，应当根据案件标的额和当地法院级别管辖的标准，在约定的地域范围内（如某市）重新确定一个具有管辖权的中级或高级人民法院。
综上所述，当约定管辖违反级别管辖时，并不会导致整个约定管辖条款的无效，而是应当在约定区域内按级别管辖标准重新确定管辖法院。如果您在实际操作中遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。