在处理刑事诉讼中违反级别管辖规定的问题时，我们首先要明确的是，级别管辖是确保案件得到恰当审理的重要制度，它根据案件的性质、影响范围以及复杂程度等因素，将案件分配给不同级别的法院进行审理。若出现违反级别管辖的情况，我们可以从以下几个方面来处理：

一、当事人提出管辖权异议

法律依据与操作流程： 虽然您提到的《中华人民共和国民事诉讼法》第一百三十条主要适用于民事诉讼，但在刑事诉讼中，当事人同样有权对管辖权提出异议，尽管具体的法律条文可能有所不同。若当事人认为案件违反了刑事诉讼的级别管辖规定，他们应在发现问题的第一时间，通常是在案件被受理后的法定期间内，向受理案件的法院提出书面异议。法院在收到异议后，会进行审查，如果异议成立，即案件确实违反了级别管辖规定，法院会裁定将案件移送至有管辖权的法院；如果异议不成立，法院则会裁定驳回。

二、法院依职权处理

自行发现与移送规定： 在刑事诉讼过程中，如果法院自行发现案件违反了级别管辖规定，它有义务主动作出处理。这通常意味着法院会将案件移送至有管辖权的法院进行审理。根据相关法律规定，受移送的人民法院应当受理案件，并依法进行审理。如果受移送的法院认为案件不属于其管辖范围，它应当报请上级人民法院指定管辖，而不得再自行移送。

三、公检法机关的特殊处理

公安机关与检察机关的处理： 在刑事诉讼的不同阶段，如果公安机关或检察机关发现案件违反了级别管辖规定，它们应当将案件移送至有管辖权的司法机关。这是确保案件得到恰当处理的重要环节。

法院的处理： 如果法院在受理案件后发现违反了级别管辖规定，它应当将案件退回人民检察院，由检察院重新移送起诉至有管辖权的法院。这一步骤是确保案件审理合法性和公正性的关键。

四、违反级别管辖的法律后果

违反级别管辖规定可能会带来一系列严重的法律后果。首先，它可能影响案件的公正审理，因为不同级别的法院在审判资源和能力上存在差异。其次，它可能导致程序混乱，如引发当事人提出管辖权异议、案件被移送等，从而延长审理周期。最后，如果一审法院违反级别管辖进行审理并作出判决，该判决可能被认定为严重违反程序，原判决应被裁定撤销，案件发回重审。

五、特殊情况下的处理

在特殊情况下，如当事人之间存在管辖协议，但该协议违反了级别管辖规定，我们需要结合具体案件情况和相关法律规定来判断是否可以依据协议约定行使管辖权。这通常需要考虑协议的地域管辖是否明确，以及约定法院是否在所属或所辖行政区域内具有相应级别管辖权。

综上所述，处理刑事诉讼中违反级别管辖规定的问题需要严格遵循法律规定和程序要求。当事人和法院均应密切关注级别管辖问题，及时提出异议或主动处理，以维护司法秩序和当事人的合法权益。