如果约定管辖违反了专属管辖的规定，则该约定无效。以下是详细分析：
一. 违反专属管辖的法律规定
- 专属管辖的定义：专属管辖是指某些特定类型的案件只能由特定的法院管辖，当事人不得通过协议变更。例如，因不动产纠纷提起的诉讼，必须由不动产所在地人民法院管辖；因港口作业中发生的纠纷，必须由港口所在地人民法院管辖。
- 约定管辖无效的情形：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，合同双方当事人可以在书面合同中协议选择被告所在地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。如果约定管辖违反了专属管辖的规定，该约定将无效。
二. 实际案例分析
- 例如，在一起建设工程施工合同纠纷中，原、被告双方签订了施工合同，并在合同中约定了管辖法院。然而，由于该纠纷涉及不动产（即建设工程），根据专属管辖的规定，应由不动产所在地人民法院管辖。因此，即使合同中约定了其他法院管辖，该约定也因违反专属管辖而无效。最终，案件由不动产所在地的法院审理。
三. 法律后果
- 如果当事人之间的约定管辖被认定为无效，那么案件将按照法定管辖的规定确定管辖法院。通常，这将根据被告住所地或者合同履行地等因素来确定。
我建议：在签订合同时，当事人应特别注意避免违反专属管辖的规定，以确保约定管辖的有效性。如果合同已经签订且存在违反专属管辖的约定，应及时咨询专业律师，以了解可能的法律后果并采取相应措施。如有进一步需要，您可以继续咨询我。