挪用公司的资金后及时还进去了，公司仍然有可能会立案。是否立案主要取决于挪用资金的行为是否符合立案标准，而不是事后是否退还。以下是对此问题的详细分析：

1. 立案标准：

   • 根据《中华人民共和国刑法》第二百七十二条的规定，挪用资金罪是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人使用，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的行为。
   • 若挪用资金的行为符合上述条件，即使事后及时归还，也可能被立案追究刑事责任。

2. 归还资金的影响：

   • 及时归还资金可以在量刑时作为从轻处罚的情节考虑，但并不影响对挪用资金行为性质的认定。
   • 司法机关立案是基于行为本身是否构成犯罪，而非事后是否退还。因此，即使归还了资金，只要符合立案标准，仍可能依法立案处理。

3. 实际案例：

   • 以小朱为例，他作为公司财务人员，挪用了公司50万元资金用于偿还个人债务。虽然他在三个月内主动将资金退还公司，但公司发现后仍选择报警。小朱的案例说明，即使及时归还资金，也可能面临立案的风险。

4. 法律建议：

   • 作为公司工作人员，应严格遵守法律法规和公司规章制度，不得挪用公司资金。
   • 如果已经不慎挪用了公司资金，应尽快归还，并主动向公司说明情况，争取从轻处理。
   • 如果面临公司的立案追究，建议咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的法律后果。

综上所述，挪用公司的资金后及时还进去了，公司仍然有可能会立案。因此，建议公司工作人员务必遵守相关法律法规和公司规章制度，避免触碰法律红线。