结论前置：其他单位在你公司划拨土地上建设房屋，若未经过合法转让和土地使用权变更登记手续，则是不合法的。
分析说明：
划拨土地使用权的性质：
- 划拨土地使用权是指土地使用者经县级以上人民政府依法批准，在缴纳补偿、安置等费用后所取得的或者无偿取得的没有使用期限限制的国有土地使用权。这种土地使用权的取得方式具有特殊性，通常用于特定的建设用地，如国家机关用地、军事用地、城市基础设施用地等。
合作建房与土地使用权转让：
- 以划拨方式取得的国有土地使用权，如果与他人进行合作建房，实质上会被视为将土地使用权进行了转让。根据法律规定，土地使用权的转让需要办理相应的变更登记手续。
合法性判断：
- 如果其他单位在你公司划拨土地上建设房屋，且没有办理土地使用权转让的变更登记手续，那么这种行为就构成了非法占用土地，是违法的。因为土地使用权仍然属于你公司，其他单位无权在该土地上建设房屋。
- 反之，如果其他单位已经办理了土地使用权转让的变更登记手续，且符合相关法律规定和规划要求，那么他们在该土地上建设房屋就是合法的。
法律建议：
- 你公司应首先核实其他单位是否办理了土地使用权转让的变更登记手续。
- 如果未办理，你公司有权要求其他单位停止建设，并依法追究其法律责任。
- 如果已办理，你公司应进一步核实转让的合法性和合规性，确保自身权益不受损害。
法律依据：
- 《土地管理法》第五十四条：建设单位使用国有土地，应当以出让等有偿使用方式取得；但是，下列建设用地，经县级以上人民政府依法批准，可以以划拨方式取得：（一）国家机关用地和军事用地；（二）城市基础设施用地和公益事业用地；（三）国家重点扶持的能源、交通、水利等基础设施用地；（四）法律、行政法规规定的其他用地。
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