结论前置：公司设定工资结构时，将正常工资时间工资定为2000元，而总工资为5000元，这一做法在合法性上主要取决于劳动合同的具体约定以及是否违反了相关法律法规关于最低工资标准的规定。
分析说明：
劳动合同约定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位与劳动者应当签订书面劳动合同，并在合同中明确劳动报酬等条款。
- 如果劳动合同中明确约定了正常工资时间工资为2000元，且总工资为5000元（包含其他如奖金、津贴、加班费等），并且这一约定是双方自愿、平等协商的结果，那么这一做法在合同层面是合法的。
最低工资标准：
- 各地都有相应的最低工资标准规定，这是劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬。
- 如果公司设定的正常工资时间工资2000元低于当地最低工资标准，那么这一做法就是违法的。
实际执行中的合法性：
- 除了上述两点外，还需要考虑公司在实际执行中是否按照劳动合同的约定支付工资，以及是否存在其他违法行为（如克扣工资、拖欠工资等）。
- 如果公司实际支付的工资与劳动合同约定不符，或者存在其他违法行为，那么即使劳动合同中有相关约定，也不能视为合法。
建议：
- 劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读并理解合同条款，特别是关于劳动报酬的部分。
- 如对工资结构有疑问或不满，应及时与公司沟通协商，必要时可寻求法律援助或向劳动监察部门投诉。
- 公司也应确保工资结构的设定符合法律法规的要求，避免引发劳动纠纷。
综上所述，公司设定正常工资时间工资为2000元，总工资为5000元的做法，在合法性上需要综合考虑劳动合同约定、最低工资标准以及实际执行中的情况。如有任何疑问或争议，建议咨询专业律师或相关机构以获取更准确的法律意见。