在政府采购活动中，确保采购过程的公平、公正和透明是至关重要的。当代理机构的工作人员与供应商存在利害关系时，必须采取相应的回避措施，以防止任何可能影响采购结果公正性的情况发生。以下是对这一问题的详细解答：

一、利害关系定义及回避原则

利害关系通常指的是代理机构的工作人员与供应商之间存在某种可能影响采购活动公正性的关系。根据相关规定，这种利害关系包括但不限于：

1. 参加采购活动前三年内与供应商存在劳动关系；
2. 参加采购活动前三年内担任供应商的董事、监事或顾问等职位；
3. 参加采购活动前三年内是供应商的控股股东或实际控制人；
4. 与供应商的法定代表人或负责人有夫妻、直系血亲、三代以内旁系血亲或近姻亲关系；
5. 其他可能影响政府采购活动公平进行的关系。

在存在上述利害关系的情况下，相关的工作人员必须主动回避，不得参与该采购项目的任何工作。

二、回避程序

1. 自我申报：代理机构的工作人员在参与采购活动前，应主动申报自己与供应商之间是否存在利害关系。
2. 审核确认：代理机构应设立专门的审核机制，对工作人员的申报进行核实和确认。
3. 实施回避：一旦确认存在利害关系，相关工作人员应立即退出采购活动，不得再参与该项目的任何环节。
4. 记录备案：回避情况应详细记录并备案，以备后续查阅和审计。

三、供应商的申请回避权

供应商在参与采购活动时，如发现代理机构的工作人员与自己存在利害关系，有权向代理机构提出回避申请。代理机构在收到申请后，应及时进行调查核实，并根据实际情况作出是否回避的决定。

四、违规处理

如代理机构的工作人员违反回避规定，擅自参与存在利害关系的采购活动，将视情节轻重给予相应的纪律处分或法律追究。同时，该行为也可能导致采购结果无效，给采购活动带来不必要的损失和麻烦。

五、总结与建议

代理机构应建立健全的回避制度，确保采购活动的公正性和透明度。同时，应加强对工作人员的培训和教育，提高他们的职业道德和法律意识。对于供应商而言，也应积极行使自己的申请回避权，共同维护采购活动的公平和公正。