当您的工程款被扣时，您可以按照以下步骤来申请退回：

第一步：初步协商与沟通

• 及时联系：一旦发现工程款被扣，您应立即与扣款方（可能是发包方、承包方或相关机构）取得联系，明确说明被扣款项及金额，并提供相关的支付记录作为初步证明。
• 友好协商：尝试通过友好协商的方式解决问题，比如直接要求退款或抵扣后续应支付的款项。保持冷静和礼貌，尽量通过沟通达成共识。

第二步：详细审查合同条款

• 查阅合同：仔细研究您与扣款方签订的建设工程合同，特别是关于工程款支付、退款条件及流程的条款。
• 确定退款理由：根据合同条款，明确您申请退款的具体原因，如工程已按约定完成、质量达标但工程款被错误扣除等。

第三步：准备退款申请材料

• 退款申请书：撰写一份详细的退款申请书，说明退款原因、具体金额以及相关的工程项目信息。
• 相关证据：收集并整理所有支持您退款申请的证据，包括但不限于支付凭证（如银行转账记录、支票存根等）、合同副本及与退款相关的条款复印件、工程质量检测报告或工程量计算清单等。

第四步：正式提交申请

• 书面送达：将退款申请材料以书面形式正式提交给扣款方，并保留送达凭证，如快递单号、签收记录等。
• 多渠道沟通：除了书面提交外，还可以通过电话、邮件等多种方式与扣款方负责人沟通，确保对方已经收到并重视您的退款申请。

第五步：持续协商与跟进

• 积极回应：及时回应扣款方的任何询问或要求，提供所需的补充材料。
• 协商解决方案：与扣款方就退款金额、时间等具体问题进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
• 定期跟进：定期与扣款方联系，了解退款进度，并记录每次沟通的情况，以备后续需要。

第六步：考虑法律途径

• 发送律师函：如果协商无果，您可以考虑委托律师发送律师函，明确指出扣款方的法律责任及后果，促使其尽快退款。
• 提起诉讼或仲裁：根据合同条款的约定，您可以选择向有管辖权的人民法院提起诉讼或申请仲裁，通过法律途径来维护自己的权益。在提起诉讼或仲裁时，请务必提供充分的证据来支持您的退款主张。
• 财产保全与执行：在提起诉讼前或诉讼过程中，如果您担心扣款方会转移资产以逃避债务，可以考虑申请财产保全措施。一旦获得判决或仲裁裁决，且扣款方不履行退款义务，您可以申请强制执行来确保自己的权益得到实现。

注意事项：

• 在整个过程中，请务必保持与扣款方的良好沟通，尽量通过协商解决问题，避免不必要的法律纠纷。
• 收集并妥善保存所有相关证据，以备不时之需。这些证据将是您申请退款或提起诉讼的重要依据。
• 在采取法律手段前，请咨询专业律师的意见，了解您的权利义务及可能面临的风险和成本。

希望以上步骤能帮助您顺利申请退回被扣的工程款。如果您在申请过程中遇到任何困难或疑问，请随时咨询相关专业人士以获取帮助。