公司不能直接通过扣工资来赔偿员工损坏的公司电脑。下面我将从法律角度详细解释这一结论，并给出相应的建议。
法律解释
工资扣除的合法性：
- 工资是员工提供劳动后应得的报酬，受到法律的保护。公司不能随意扣除员工的工资，除非有明确的法律依据或双方事先的约定。
- 在劳动法律关系中，员工损坏公司财物并不构成公司可以直接扣除工资的法定理由。
损坏财物的赔偿：
- 如果员工损坏了公司的电脑，公司有权要求员工赔偿，但这需要通过合法的途径进行。
- 公司可以与员工协商赔偿事宜，达成赔偿协议。如果协商不成，公司可以通过法律途径追究员工的赔偿责任，如提起民事诉讼。
扣工资的风险：
- 如果公司擅自扣除员工的工资来赔偿损坏的电脑，可能会引发劳动争议，甚至导致法律纠纷。
- 员工有权向劳动监察部门投诉，或者提起劳动仲裁、诉讼来维护自己的合法权益。
建议
协商处理：
- 公司可以与员工进行沟通，了解损坏电脑的具体情况和原因，协商赔偿方案。
- 双方可以达成书面协议，明确赔偿金额、支付方式等条款。
法律途径：
- 如果协商不成，公司可以收集相关证据，如电脑损坏的鉴定报告、员工的陈述等，通过法律途径追究员工的赔偿责任。
- 在提起民事诉讼前，公司可以考虑咨询专业律师（如我），以确保诉讼的合法性和有效性。
完善管理制度：
- 公司可以制定完善的财物管理制度，明确员工对公司财物的使用、保管责任。
- 通过制度来规范员工的行为，预防类似事件的发生。
综上所述，公司不能直接通过扣工资来赔偿员工损坏的公司电脑。正确的做法是与员工协商处理，或者通过法律途径来追究员工的赔偿责任。如果你在这方面有进一步的法律问题或需要具体的法律帮助，请随时向我咨询。