在原告主诉被告和第三人恶意串通但没有直接证据的情况下，法官会综合各方面因素进行推定和判断。具体分析如下：

一. 恶意串通的认定

1. 法律依据：根据《合同法》第52条，恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益的合同无效。恶意串通是指合同当事人在订立合同过程中，为牟取不法利益合谋实施的违法行为。

2. 推定方式：由于恶意串通涉及个人心理活动，难以直接证实，因此法官会采取推定方式。在综合分析相关证据的基础上，依照日常经验、行为习惯等，根据盖然性原则予以判断和认定。

二. 举证责任与推定

1. 举证困难：当事人主观心态属个人内心活动范畴，除当事人自行承认外，难以直接予以证实或查实。若仅按照“谁主张、谁举证”的规则分配举证责任，可能导致原告因客观原因举证不能而败诉。

2. 推定合理性：因此，对于恶意串通的认定，采取推定方式完成举证、认证较为合理。即以当事人提交的证据或已查明事实为基础，依照日常习惯经验，推理、判断未知事实是否存在，并允许相关当事人进行反证、辩驳。

三. 恶意串通的特征

1. 双方故意：恶意串通的合同当事人都是故意的，目的是通过损害他人的利益来获取自己的非法利益。

2. 牟取非法利益：当事人订立恶意串通的合同的目的就是为了取得非法利益，这种合同一般都损害了国家、集体或者第三人的利益。

四. 法官认定过程

1. 审查证据：法官会仔细审查原告提交的所有证据，包括合同、交易记录、通信记录等，以寻找可能表明恶意串通的线索。

2. 分析行为：法官会分析被告和第三人的行为是否符合恶意串通的特征，如是否存在故意损害原告利益的行为，是否从中获取了非法利益等。

3. 综合判断：在综合考虑所有证据和事实的基础上，法官会根据盖然性原则，结合日常经验和行为习惯，对恶意串通进行推定和判断。

我建议：在原告没有直接证据的情况下，法官对恶意串通的认定会更加谨慎。因此，原告应尽可能收集更多间接证据，如交易记录、通信记录等，以支持其主张。同时，被告和第三人也有权进行反证和辩驳，以证明其行为的合法性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。