结论
在恶意串通损害第三人利益的纠纷中，第三人起诉请求确认合同无效时，管辖法院的确定主要依据被告住所地或合同履行地法院管辖的原则，同时需结合具体案情和法律规定进行综合判断。
详细分析
一般管辖原则
- 被告住所地法院管辖：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖；对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。在恶意串通损害第三人利益的合同纠纷中，若第三人选择起诉合同双方或其中一方，通常可以向被告住所地法院提起诉讼。
- 合同履行地法院管辖：如果合同有实际履行地，且该履行地与纠纷有直接联系，第三人也可以选择向合同履行地法院提起诉讼。合同履行地的确定通常依据合同约定的履行地点或实际履行地点。
特殊情形下的管辖
- 专属管辖：在某些特定类型的合同纠纷中，法律可能规定了专属管辖，即只能由特定地区的法院管辖。然而，在恶意串通损害第三人利益的合同纠纷中，通常不涉及专属管辖的问题，除非该合同本身属于法律规定的特定类型（如不动产纠纷等），但这种情况较为罕见。
- 协议管辖：如果合同双方在合同中约定了管辖法院，且该约定不违反法律强制性规定，那么通常应按照约定确定管辖法院。但在恶意串通损害第三人利益的合同中，由于合同本身无效，因此协议管辖的条款也可能被视为无效，此时应回归到一般管辖原则进行确定。不过，若第三人选择仅起诉合同一方，而该方与第三人之间存在有效的管辖协议，且该协议不损害国家、集体和第三人利益，那么该协议可能仍对双方具有约束力。
实务操作中的考虑因素
- 便于诉讼原则：在确定管辖法院时，法院会考虑便于当事人诉讼的原则。如果合同双方住所地或合同履行地与第三人住所地相距较远，可能会给第三人带来不便，此时法院可能会综合考虑各种因素，如证据收集、证人出庭等，来确定最合适的管辖法院。
- 案件性质与影响：如果恶意串通损害第三人利益的合同纠纷涉及面广、影响大，或者涉及多个地区、多个主体，那么法院可能会根据案件的具体情况，选择更高级别的法院或者具有更广泛管辖权的法院进行审理。
举例说明
假设甲与乙恶意串通，签订了一份损害丙利益的合同。合同约定在A地履行，但甲与乙的住所地分别在B地和C地。丙发现后，决定起诉甲和乙请求确认合同无效。
- 情况一：丙选择起诉甲和乙共同作为被告。此时，丙可以向甲住所地B地法院或乙住所地C地法院提起诉讼。如果合同有实际履行地A地，且A地与纠纷有直接联系，丙也可以选择向A地法院提起诉讼。
- 情况二：丙选择仅起诉甲作为被告。此时，如果甲与丙之间存在有效的管辖协议（且该协议不损害国家、集体和第三人利益），那么应按照协议确定管辖法院；如果没有协议或协议无效，则丙可以向甲住所地B地法院或合同履行地A地法院（如果与纠纷有直接联系）提起诉讼。
建议
- 收集证据：在提起诉讼前，第三人应充分收集证据，证明合同双方存在恶意串通的行为以及该行为对自己造成的损害。
- 咨询律师：由于管辖法院的确定涉及复杂的法律问题和实务操作，第三人在提起诉讼前最好咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到最大程度的保护。
总之，在恶意串通损害第三人利益的纠纷中，第三人起诉请求确认合同无效时，管辖法院的确定需要综合考虑多种因素。如有具体案情或疑问，可以直接向我咨询。