针对农民工讨薪只有证人的情况，以下是一些具体的建议和处理流程：
首先，农民工应该明确，虽然只有证人，但仍然有多种途径可以维护自己的合法权益，追回被拖欠的工资。
一、收集证据
证人证言：详细记录证人的姓名、联系方式、证言内容等，并尽可能让证人提供书面证言或愿意出庭作证。证人的陈述应当具体、详细，能够证明拖欠工资的事实。
其他证据：除了证人证言，还可以尝试收集其他证据，如工作记录、通话录音、短信或电子邮件记录等，任何能够证明与用人单位存在劳动关系以及工资被拖欠的证据都是有用的。
二、向劳动保障监察机构举报或投诉
根据《劳动保障监察条例》，农民工可以向当地的劳动保障监察机构举报或投诉用人单位的拖欠工资行为。在投诉时，需要提交投诉材料，包括个人身份信息、被投诉用人单位的详细信息、劳动保障合法权益受到侵害的事实和具体投诉请求事项，以及劳动关系证明材料等。虽然只有证人，但监察机构会根据提供的证据进行调查，并在规定时间内给出处理结果。
三、向劳动人事争议仲裁委员会申请仲裁
如果劳动保障监察机构未能解决问题，农民工还可以向当地的劳动人事争议仲裁委员会申请仲裁。在申请仲裁时，需要提交仲裁申请书、个人身份信息、证据材料等。仲裁委员会将依法进行审理，并作出裁决。对于追索劳动报酬的案件，仲裁庭可以裁决先予执行，移送人民法院执行。
四、向法院起诉或申请支付令
如果仲裁裁决未能满足农民工的诉求，或者用人单位拒不履行仲裁裁决，农民工可以向法院提起诉讼。在诉讼过程中，需要提供充分的证据证明自己的主张。同时，根据《劳动合同法》，农民工还可以向法院申请支付令，要求用人单位支付拖欠的工资。法院将依法审查申请，并在符合条件的情况下发出支付令。
五、注意事项
保持冷静：在讨薪过程中，农民工应保持冷静和理智，避免采取过激行为或言语攻击等不当方式。
寻求法律援助：如果农民工在讨薪过程中遇到法律问题或困难，可以向当地的法律援助机构或律师寻求帮助。
保留证据：在整个讨薪过程中，农民工应妥善保留所有相关证据和文件，以备不时之需。
综上所述，农民工在讨薪过程中虽然只有证人，但仍然可以通过多种途径维护自己的合法权益。重要的是要收集足够的证据，选择正确的维权途径，并保持冷静和理智。