工商局在检查公司员工时，主要需要回避的是与检查事项存在利害关系的情况，以确保检查的公正性和客观性。具体分析如下：

一. 回避利害关系

1. 法律依据：根据《行政处罚法》以及其他相关法律法规，执法人员在执行公务时，如果与当事人有直接利害关系的，应当回避。这是为了确保执法过程的公正性和避免可能的偏见。
2. 具体情形：例如，如果工商局的工作人员与被检查的公司员工有亲属关系、朋友关系或其他可能影响公正执法的利害关系，那么这位工作人员就应当回避，不得参与对该公司的检查。

二. 回避制度的实施

1. 主动回避：工商局工作人员在得知自己与检查事项存在利害关系时，应当主动提出回避。
2. 申请回避：如果公司员工认为工商局的工作人员与检查事项存在利害关系，也可以向工商局提出申请，要求该工作人员回避。

三. 回避后的处理

1. 重新指派：一旦有工作人员需要回避，工商局应当重新指派其他工作人员进行检查，以确保检查的顺利进行和结果的公正性。
2. 监督与问责：对于违反回避制度的工作人员，工商局应当进行相应的监督与问责，以确保制度的严格执行。

综上所述，工商局在检查公司员工时，应当严格遵守回避制度，确保检查的公正性和客观性。我建议，如果在实际操作中遇到需要回避的情况，应当及时提出并妥善处理，以维护执法的公正性和权威性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。