因变更专项施工方案导致施工后不能使用的责任，应根据具体情况来确定责任归属。以下是对此问题的详细分析：
一. 责任判断的基本原则
合同约定：首先，应查看施工合同中的相关条款，特别是关于施工方案变更、责任划分以及验收标准等方面的约定。如果合同中有明确规定，则应按照合同约定来确定责任归属。
过错原则：在合同没有明确规定或规定不明确的情况下，应遵循过错原则来判断责任。即，谁对施工方案变更导致的不能使用存在过错，谁就应承担相应的责任。
二. 具体责任分析
建设单位责任：
- 如果建设单位在未与设计单位、施工单位协商一致的情况下，擅自变更施工方案，并导致施工后不能使用，那么建设单位应承担主要责任。
- 例如，建设单位为了节省成本或缩短工期，强行要求施工单位按照新的施工方案进行，结果导致工程质量不合格，无法使用。这种情况下，建设单位应承担责任。
设计单位责任：
- 如果设计单位在设计变更时存在错误或疏忽，导致新的施工方案存在严重缺陷，进而造成施工后不能使用，设计单位应承担相应责任。
- 例如，设计单位在设计变更时未充分考虑实际施工条件，导致新的施工方案在实际操作中无法实施，或实施后效果不达标。这种情况下，设计单位应承担责任。
施工单位责任：
- 如果施工单位在施工过程中未按照变更后的施工方案进行，或者施工质量不符合要求，导致施工后不能使用，施工单位应承担主要责任。
- 例如，施工单位在施工中偷工减料、以次充好，或者未按照施工图纸和施工技术规范进行施工，导致工程质量不合格。这种情况下，施工单位应承担责任。
多方共同责任：
- 在某些情况下，变更专项施工方案导致施工后不能使用可能是多方共同过错造成的。这时，应根据各方的过错程度和责任大小来分担责任。
三. 总结与建议
综上所述，变更专项施工方案导致施工后不能使用的责任归属应根据具体情况来判断。在处理此类纠纷时，应首先查看合同约定，并遵循过错原则来划分责任。同时，我建议各方在变更施工方案时应充分协商、谨慎决策，并确保施工质量符合相关要求，以避免类似纠纷的发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。