三人在一起的判决工程款可以分开账目，但具体能否分开以及如何分开，需根据实际情况和法律规定来判断。

一. 工程款判决的通常情况

1. 共同债权：在工程款判决中，如果三人被认定为共同债权人，那么工程款通常会被视为共同财产。在这种情况下，款项的分配需要依据三人之间的约定或者法律规定来进行。
2. 分开账目的可能性：尽管工程款被判决为共同财产，但在实际操作中，如果三人之间有明确的账目记录，且能够证明各自应得的份额，那么是有可能将工程款分开账目的。

二. 法律依据

• 根据《民法典》的相关规定，共同债权人可以按照份额享有债权，也可以约定相互之间的债务承担份额。这意味着，如果三人之间有明确的约定，那么他们可以按照约定来分配工程款。
• 同时，《民事诉讼法》也允许当事人在执行过程中达成和解协议，对判决确定的权利义务进行变更或调整。因此，如果三人能够就工程款的分配达成一致，那么他们可以通过和解协议的方式来实现账目的分开。

三. 实际操作建议

1. 查看判决文书：首先，需要仔细查看判决文书，明确工程款是被判决给三人的共同财产，还是已经明确了各自的份额。
2. 协商分配：如果判决文书没有明确各自的份额，那么三人可以协商分配。在协商过程中，应充分考虑各自的贡献、投入以及实际情况，确保分配方案的公平合理。
3. 签订协议：协商达成一致后，建议签订书面协议，明确各自的份额以及分配方式。这样可以避免后续出现纠纷，也为可能的执行程序提供明确的依据。
4. 申请执行：如果协商不成或者对方不履行协议，可以向法院申请执行。在执行过程中，可以向法院说明情况，申请将工程款分开账目执行。

我建议，在实际操作中，应充分考虑法律规定和实际情况，确保分配方案的合法性和可行性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。