建设单位法人以个人名义向施工单位负责人借款与工程款支付，在法律上是可以分开判决的。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律关系独立性
借款关系：建设单位法人以个人名义向施工单位负责人借款，这构成了一个独立的民间借贷法律关系。该关系主要受《中华人民共和国民法典》中关于借款合同的规定调整。只要借款合同内容合法、双方意思表示真实，且不存在其他违法情形，该借款关系即受法律保护。
工程款支付关系：工程款支付则是基于建设单位与施工单位之间的建设工程合同关系。这一关系受《中华人民共和国民法典》中关于建设工程合同的规定调整。工程款的支付义务、支付时间、支付方式等均应按照合同约定执行。
二、判决独立性
借款纠纷判决：若因借款关系发生纠纷，如借款人未按时还款，出借人（施工单位负责人）可以依法向法院提起诉讼，要求借款人（建设单位法人）偿还借款本金及利息。法院在审理此类案件时，将主要审查借款合同的效力、借款事实的存在与否以及借款人的还款情况等，并据此作出判决。
工程款纠纷判决：若因工程款支付发生纠纷，如建设单位未按时支付工程款，施工单位可以依法向法院提起诉讼，要求建设单位支付工程款及可能的违约金或利息。法院在审理此类案件时，将主要审查建设工程合同的效力、工程款的支付约定、工程完成情况以及建设单位的支付情况等，并据此作出判决。
三、实际操作中的注意事项
证据收集：在处理此类纠纷时，双方均应注重证据的收集和保存。对于借款关系，应保存好借款合同、转账记录、收条等证据；对于工程款支付关系，则应保存好建设工程合同、工程进度报告、验收报告、付款凭证等证据。
法律程序：在提起诉讼前，双方应尝试通过协商、调解等方式解决纠纷。若协商、调解无果，再依法向法院提起诉讼。在诉讼过程中，双方应遵守法律程序，如实陈述事实，提供证据，并接受法院的调解或判决。
避免混淆：虽然借款关系与工程款支付关系在法律上是独立的，但在实际操作中，双方应避免将两者混淆。例如，建设单位不应以借款为由拒绝支付工程款；施工单位也不应以工程款未支付为由拒绝偿还借款。
总结来说，建设单位法人以个人名义向施工单位负责人借款与工程款支付在法律上是两个独立的法律关系，可以分开判决。在处理此类纠纷时，双方应注重证据的收集和保存，遵守法律程序，并避免将两者混淆。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。