关于“合作款被公司收回是否合法”的问题，这主要取决于具体的合同条款、法律规定以及实际情况。下面我将从不同角度进行详细分析：
合同条款的约定：
- 首先，需要查看合作双方签订的合同中是否有关于合作款收回的条款。如果合同中明确规定了在某些特定情况下（如违约、合作终止等）公司有权收回合作款，并且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照合同约定收回合作款是合法的。
- 如果合同中没有相关规定，或者规定不明确，那么公司单方面收回合作款可能构成违约，需要承担相应的法律责任。
法律规定：
- 根据《中华人民共和国合同法》（已废止，现由《民法典》合同编替代）的相关规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。如果公司收回合作款没有合同依据或法律依据，那么这种行为可能构成不当得利，需要返还给合作方。
- 同时，如果公司的收回行为给合作方造成了损失，合作方有权要求公司承担赔偿责任。
实际情况的考量：
- 除了合同条款和法律规定外，还需要考虑实际情况。比如，合作款是否已经实际支付、支付的时间节点、合作项目的进展情况等。这些因素都可能影响公司收回合作款的合法性和合理性。
综上所述，合作款被公司收回是否合法，需要综合考虑合同条款的约定、法律规定以及实际情况。如果公司收回合作款有明确的合同依据或法律依据，并且符合实际情况，那么这种行为是合法的。否则，公司可能需要承担相应的法律责任。如果你在这方面遇到了具体问题，可以将详细情况告诉我，我会为你提供更具体的法律分析和建议。