行政协议违约金案件属于行政纠纷。

行政协议，又称行政合同，是行政机关为了实现行政管理或者公共服务目标，与公民、法人或者其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议。行政协议兼具行政性与契约性，因此其纠纷的处理也不同于一般的民事合同。

1. 法律依据：

   • 根据《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》，行政协议案件适用行政诉讼法的相关规定，这意味着行政协议违约金案件应当作为行政纠纷来处理。
   • 《中华人民共和国行政诉讼法》也明确规定了行政机关不依法履行、未按照约定履行协议时，人民法院有权判决其承担相应责任，这进一步印证了行政协议违约金案件属于行政纠纷的性质。

2. 纠纷处理：

   • 当行政协议中出现违约行为时，双方应首先尝试通过协商解决争议。
   • 协商不成时，行政相对人可以通过行政复议、行政诉讼等行政救济途径来维护自己的合法权益。在这个过程中，人民法院会依据行政诉讼法的相关规定来审理案件，判断违约金的合法性、合理性以及违约事实的存在与否。

3. 与民事合同的区别：

   • 虽然行政协议中也可能包含违约金条款，但其与民事合同中的违约金在性质、目的以及处理方式上均存在显著差异。民事合同中的违约金主要基于双方当事人的平等自愿和意思自治原则，而行政协议中的违约金则更多地体现了行政法上的公共利益和行政管理目标。

综上所述，行政协议违约金案件应当作为行政纠纷来处理，适用行政诉讼法的相关规定。如果你在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。