永久基本农田的判定违法主要由自然资源局负责。以下是对此问题的详细分析：

一. 判定违法的主体

1. 自然资源局的职责：

   • 根据相关法律法规，自然资源局负责土地资源的规划、管理、保护与合理利用。
   • 永久基本农田作为特殊的土地资源，其保护和管理也纳入自然资源局的职责范围。
   • 因此，对于永久基本农田的违法判定，自然资源局具有主要的执法权。

2. 农业农村局的职责：

   • 农业农村局主要负责农业生产的指导、管理和服务。
   • 虽然与农田相关，但其主要职责并不包括农田的违法判定。
   • 农业农村局可能参与农田的保护和利用工作，但在违法判定上并不具有主导权。

二. 法律依据

• 根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，自然资源局是负责土地资源管理的主体，具有对土地违法行为进行查处的职责。
• 永久基本农田作为土地资源的一部分，其违法行为的判定自然也应由自然资源局负责。

三. 实际操作

• 在实际操作中，如果永久基本农田发生违法行为，如非法占用、破坏等，通常是由自然资源局进行查处，并依法作出处理决定。
• 农业农村局可能会配合自然资源局的工作，提供必要的支持和协助，但并不直接参与违法判定。

综上所述，永久基本农田的判定违法主要由自然资源局负责。如果您对具体案件有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时咨询我。