占用永久基本农田的处罚主体主要是县级以上人民政府自然资源主管部门，处罚措施包括行政处罚、刑事处罚，特定情况下还可能涉及民事赔偿责任。以下是对这一问题的详细分析：
一、行政处罚
责令限期改正或治理：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》第七十五条及《中华人民共和国土地管理法实施条例》第五十一条，对于占用永久基本农田发展林果业或挖塘养鱼等行为，县级以上人民政府自然资源主管部门会责令限期改正或治理，以恢复永久基本农田的种植条件。
罚款：
- 若逾期不改正占用永久基本农田发展非农业用途的，将按占用面积处耕地开垦费2倍以上5倍以下的罚款。
- 对于未经批准或骗取批准非法占用永久基本农田的，罚款额为非法占用土地每平方米100元以上1000元以下。
责令退还土地、限期拆除、恢复原状：
- 非法占用永久基本农田的，必须退还非法占用的土地。
- 对违反土地利用总体规划擅自改变农用地为建设用地的，将限期拆除新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。
- 对符合土地利用总体规划的，虽不拆除但会没收非法建筑物，并可并处罚款。
二、刑事处罚
- 非法占用农用地罪：
- 根据《中华人民共和国刑法》第三百四十二条，违反土地管理法规，非法占用耕地（包括永久基本农田），改变土地用途，数量较大且造成耕地大量毁坏的，将处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
- 具体量刑标准依据《最高人民法院关于审理破坏土地资源刑事案件具体应用法律若干问题的解释》，非法占用基本农田五亩以上或造成基本农田五亩以上种植条件严重毁坏即构成犯罪。
三、民事赔偿责任
- 若占用永久基本农田的行为导致他人（如土地承包经营权人）经济损失，受害人可通过民事诉讼要求侵权人承担赔偿责任。赔偿范围通常包括直接损失（如农作物减产损失）和间接损失（如土地恢复费用）。
四、建议与总结
占用永久基本农田是严格禁止的，一旦违法，将面临严厉的法律后果。因此，我建议所有单位和个人在使用土地时，务必严格遵守相关法律法规，确保土地的合法合规使用。对于已经发生的违法行为，应尽快采取措施进行整改和恢复，以避免更严重的法律后果。同时，政府和相关部门也应加强监管和执法力度，确保土地资源的合法合规使用。
如果您在房产问题（尤其是农村土地/宅基地）方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。