破坏永久基本农田的处理涉及多个部门，具体处理方式和责任如下：

1. 行政处理部门及措施：

   • 自然资源主管部门（如自然资源部、省级自然资源厅及市县级自然资源局）：这是主要的监管部门，负责监督检查土地使用和保护情况。一旦发现破坏永久基本农田的行为，会进行初步调查，收集证据，并查清事实。根据《基本农田保护条例》和《中华人民共和国土地管理法》，自然资源主管部门有权责令破坏者限期改正或治理，恢复原种植条件，并可处以罚款，罚款数额通常为占用基本农田的耕地开垦费的1倍以上2倍以下。若破坏行为导致土地荒漠化、盐渍化等严重后果，罚款额可能提升至耕地开垦费的5倍以上10倍以下，特别是破坏黑土地等优质耕地的，将从重处罚。
   • 农业农村主管部门：该部门会参与调查破坏基本农田对农业生产的影响，评估损害程度，并提出修复和治理建议。对于破坏种植条件的行为，农业农村主管部门同样有权责令恢复种植条件并处以罚款。

2. 刑事处理部门及流程：

   • 公安机关：如果破坏永久基本农田的行为情节严重，构成犯罪，自然资源主管部门会将案件移送公安机关。公安机关会进行立案侦查，深入调查犯罪主体、占用面积、目的及损害后果等。符合立案标准的，将依法追究刑事责任。
   • 检察机关：公安机关侦查终结后，会将案件移送检察机关审查起诉。检察机关会确保证据确凿、犯罪事实清楚、罪名认定准确。符合起诉条件的，会向人民法院提起公诉。
   • 人民法院：人民法院会对检察机关提起公诉的案件进行审判，依据法律和证据定罪量刑。根据《中华人民共和国刑法》第三百四十二条，非法占用农用地数量较大且造成大量毁坏的，可处五年以下有期徒刑或拘役，并处罚金。

3. 民事赔偿：

   • 除了行政和刑事责任外，破坏永久基本农田的行为还可能导致民事赔偿责任。如果破坏行为给土地所有者或使用者造成了经济损失，破坏者需要依法承担民事赔偿责任，包括土地恢复费用、农作物损失等相关经济损失。

总结与建议： 破坏永久基本农田是严重的违法行为，不仅损害国家粮食安全和生态安全，还将面临严厉的法律制裁。因此，我建议大家严格遵守土地管理法规，不进行任何破坏基本农田的行为。如果发现有破坏基本农田的情况，应及时向自然资源主管部门或农业农村主管部门举报。同时，如果你或他人因破坏基本农田而面临法律责任，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。