无证经营木耳二级菌种是违法的。具体分析如下：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国种子法》及相关法律法规，经营菌种（包括木耳二级菌种）需要取得相应的许可证。未取得许可证而擅自经营的，属于无证经营，违反了法律法规的规定。

2. 违法后果：

   • 无证经营木耳二级菌种可能会面临行政处罚，如罚款、没收违法所得、责令停止经营等。
   • 如果无证经营行为严重扰乱了市场秩序或造成了其他严重后果，还可能构成犯罪，需要承担刑事责任。

3. 建议：

   • 如果打算经营木耳二级菌种，应当先了解并遵守相关法律法规，取得必要的许可证。
   • 如果已经无证经营了木耳二级菌种，应当立即停止经营行为，并咨询当地农业主管部门或法律专业人士，了解如何补办许可证或处理相关事宜。

综上所述，无证经营木耳二级菌种是违法的，建议遵守相关法律法规，合法经营。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。