面对公司克扣学生工资的情况，学生应首先明确自己的身份及法律关系，并依法采取相应措施来维护自己的合法权益。以下是具体的处理方法：

结论前置：学生可以先尝试与公司协商，要求公司给出克扣工资的具体理由，并补足工资。如果协商无果，可以向当地的劳动调解组织申请调解，或向劳动监察部门投诉。若问题仍未解决，学生可以申请劳动仲裁，甚至向人民法院提起诉讼。

一、明确身份及法律关系

1. 在校学生勤工助学：这种情况下，学生与公司之间不视为建立了劳动关系，但仍有权要求公司按照约定支付工资。
2. 已毕业学生：如果以就业为目的在公司工作，即使处于试用期，也建立了劳动关系，受《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的保护。

二、与公司沟通协商

1. 收集证据：包括工作证、考勤记录、工资条、银行转账记录等，以备后续维权使用。
2. 友好协商：与公司人力资源部门或直接上级沟通，说明情况，要求合理解释并补足工资。可以面谈并录音，或通过发邮件等方式留存记录。

三、向调解组织申请调解

若与公司协商无果，学生可以向当地的劳动调解组织申请调解。调解组织会介入双方争议，协助沟通，寻求妥善解决方案。

四、向劳动监察部门投诉

对于已毕业且建立了劳动关系的学生，或虽未毕业但公司克扣工资行为严重损害学生权益的情况，学生可以向劳动监察部门投诉。准备好相关证据材料，前往当地劳动监察大队办公地点进行书面投诉，或拨打劳动保障监察投诉举报电话。劳动监察部门会调查核实，并根据情况对公司进行相应处理。

五、申请劳动仲裁

如果上述措施均未能解决问题，学生可以在劳动争议发生之日起一年内，向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。准备仲裁申请书、身份证明、证据材料等，并按照仲裁流程进行审理。若对仲裁结果不满意，可在规定期限内向人民法院提起诉讼。

六、向法院起诉

若劳动仲裁未能解决问题，或学生有充分证据且争议金额较小，符合条件的可以直接向法院提起民事诉讼。法院将依据双方提供的证据进行审理，并作出判决。若判决生效后公司仍不履行支付工资的义务，学生可以向法院申请强制执行。

七、法律依据

• 《中华人民共和国劳动法》第九十一条规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
• 《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条也明确规定了用人单位不得克扣或无故拖欠劳动者工资，并明确了相应的法律责任。

综上所述，学生在面对公司克扣工资的情况时，应依法行事，确保自己的合法权益得到维护。从与公司协商到向劳动监察部门投诉，再到申请劳动仲裁和提起诉讼，每一步都应谨慎操作，并确保有足够的证据支持自己的主张。如果你在这个过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。