面对公司克扣学生工资的情况，学生应首先明确自己的身份及法律关系，然后依次尝试与公司协商、向调解组织申请调解、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁，直至向人民法院提起诉讼，以确保自己的合法权益得到维护。以下是具体的处理方法和建议：

一、明确身份及法律关系

• 在校学生勤工助学：此情况下不视为就业，未建立劳动关系，但仍有权要求公司按照约定支付工资。
• 已毕业学生：以就业为目的在公司工作，即使处于试用期，也建立了劳动关系，受《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》保护。

二、具体处理步骤

1. 与公司沟通协商

   • 收集证据：包括工作证、考勤记录、工资条、银行转账记录等，以备后续维权使用。
   • 友好协商：与公司人力资源部门或直接上级沟通，说明情况，要求合理解释并补足工资。可以面谈并录音、发邮件等方式留存记录。
   • 查看规章制度：如果公司扣工资的依据是相关规章制度，要求学生查看这些规章制度是否经过事前公开公示，若无则可作为协商的依据。

2. 向调解组织申请调解

   • 若与公司协商无果，学生可以向当地的劳动调解组织申请调解，以寻求妥善解决方案。

3. 向劳动监察部门投诉

   • 适用情形：已毕业建立了劳动关系的学生，或公司克扣工资行为严重损害学生权益。
   • 投诉方式：准备好相关证据材料，前往当地劳动监察大队进行书面投诉，或拨打劳动保障监察投诉举报电话12333。劳动监察部门会调查核实，并依法处理。

4. 申请劳动仲裁

   • 仲裁时效：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
   • 仲裁流程：
     1. 准备仲裁申请书、身份证明、证据材料等，向当地劳动争议仲裁委员会提交申请。
     2. 仲裁委员会受理后会安排开庭审理，双方进行举证、质证和辩论。
     3. 仲裁委员会根据审理结果作出裁决。若对仲裁结果不满意，可在规定期限内向人民法院提起诉讼。

5. 向法院起诉

   • 诉讼条件：若通过劳动仲裁仍未解决问题，或学生有充分证据且争议金额较小，符合条件的可以直接向法院提起民事诉讼。
   • 诉讼过程：法院依据双方提供的证据进行审理并作出判决。判决生效后，若公司仍不履行支付工资的义务，学生可以向法院申请强制执行。

三、法律依据

• 《中华人民共和国劳动法》第九十一条：用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。否则，劳动行政部门将责令用人单位支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。
• 《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条：同样规定了用人单位不得克扣或无故拖欠劳动者工资，并明确了相应的法律责任。
• 《劳动保障监察条例》第二十六条：用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的，由劳动保障行政部门责令限期支付。

综上所述，学生在面对公司克扣工资的情况时，应依法行事，确保自己的合法权益得到维护。从与公司协商到向劳动监察部门投诉，再到申请劳动仲裁和提起诉讼，每一步都应谨慎操作，并确保有足够的证据支持自己的主张。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。