综合工时制员工的加班费确实包括平时加班费、双休日加班费和法定假日加班费，且各自的计算标准有所不同。

一. 平时加班费

• 计算标准：根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条第（一）项规定，安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。这意味着，在综合工时制下，如果员工在正常工作时间之外被安排加班，用人单位需要按照不低于员工正常工作时间工资的1.5倍支付加班费。

二. 双休日加班费

• 计算标准：同样依据《中华人民共和国劳动法》第四十四条第（二）项规定，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。在综合工时制中，如果员工在双休日被安排工作，且用人单位无法提供补休，则需要按照不低于员工正常工作时间工资的2倍支付加班费。

三. 法定假日加班费

• 计算标准：根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条第（三）项规定，法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这意味着，在法定假日期间，如果综合工时制的员工被安排工作，用人单位需要按照不低于员工正常工作时间工资的3倍支付加班费。

综上所述，综合工时制员工的加班费确实包括平时加班费、双休日加班费和法定假日加班费，且各自的计算标准分别按照不低于员工正常工作时间工资的1.5倍、2倍和3倍来支付。如有进一步需要，您可以继续咨询我。