综合工时制下，员工加班费的计算与支付需依据具体法律规定及实际情况进行，以下是详细分析：

1. 综合工时制的定义与特点

   • 综合工时制是指用人单位因工作情况特殊或受季节和自然条件限制，需安排员工连续作业，无法实行标准工时制，而采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的工时制度。
   • 在综合工时制下，员工的工作时间可能超过标准工时制下的每日8小时或每周40小时，但只要在一个综合计算周期内（如周、月、季、年）的总工作时间不超过法定标准，即视为合法。

2. 加班费的计算原则

   • 工作日加班：在综合工时制下，若员工在一个综合计算周期内的实际工作时间超过法定标准工作时间（如月工作时间超过166.64小时，这是基于月工作日20.83天，每天8小时计算得出的），超出部分应视为加班，并按照不低于员工本人小时工资标准的150%支付加班费。
   • 休息日加班：若综合计算周期内的某一具体日（或周）实际工作时间超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总工作时间未超过法定标准，则一般不视为加班，无需支付加班费。然而，若用人单位安排员工在休息日工作且不能安排补休的，应按照不低于员工本人日或小时工资标准的200%支付加班费。但需注意，在综合工时制下，休息日加班的认定可能因具体实施细则而有所不同，部分地区可能规定只要综合周期内总工时未超标，休息日工作即不视为加班。
   • 法定节假日加班：无论综合工时制下员工的工作时间如何安排，只要在法定节假日工作的，均应视为加班，并按照不低于员工本人日或小时工资标准的300%支付加班费。

3. 加班费的具体计算方法

   • 小时工资标准：加班费的小时工资标准通常按照员工本人月工资收入除以月计薪天数（21.75天）再除以8小时得出。
   • 加班费计算公式：
     • 工作日加班费 = 超出法定工作时间的小时数 × 小时工资标准 × 150%
     • 休息日加班费（若认定） = 休息日工作小时数 × 小时工资标准 × 200%（或根据地方规定）
     • 法定节假日加班费 = 法定节假日工作小时数 × 小时工资标准 × 300%

4. 实际操作中的注意事项

   • 合同约定：用人单位与员工在劳动合同中应明确约定实行综合工时制，并明确综合计算周期、工作时间安排及加班费支付方式等。
   • 审批备案：实行综合工时制需经劳动行政部门审批备案，未经审批擅自实行的，可能面临法律风险。
   • 记录保存：用人单位应妥善保存员工的工作时间记录、加班记录及加班费支付记录等，以备劳动行政部门检查或员工维权时使用。

建议：

• 对于用人单位而言，应严格按照法律规定实行综合工时制，确保员工的工作时间安排合法合规，并按时足额支付加班费。
• 对于员工而言，应了解自己的工作时间安排及加班费支付情况，如发现用人单位存在违法行为，可及时向劳动行政部门投诉或寻求法律援助。

如有任何关于综合工时制或加班费的具体问题，欢迎直接向我咨询。