建设工程安全生产条例的罚款由负有安全生产监督管理职责的部门负责执行。具体分析如下：

一. 罚款执行主体

• 根据相关法律法规，罚款是安全生产监督管理的一种手段，由负有安全生产监督管理职责的部门负责执行。这些部门包括但不限于建设行政主管部门、安全生产监督管理部门等，它们依据各自的职责范围，对违反建设工程安全生产条例的行为进行查处，并依法作出罚款等行政处罚。

二. 罚款的法律依据

• 虽然直接针对“建设工程安全生产条例的罚款由谁负责”的具体法条可能未在提供的法律依据中明确列出，但根据一般行政处罚法的原则，罚款作为行政处罚的一种，其执行主体必然是享有行政处罚权的行政机关，即负有安全生产监督管理职责的部门。
• 例如，在《中华人民共和国安全生产法》等相关法律中，都明确了负有安全生产监督管理职责的部门对违反安全生产法律法规的行为有权进行查处，并依法作出包括罚款在内的行政处罚。

三. 罚款的处理流程

• 负有安全生产监督管理职责的部门在发现违反建设工程安全生产条例的行为后，会依法进行调查取证，确认违法事实。
• 根据违法行为的性质和情节，部门会依法作出罚款等行政处罚决定，并书面通知当事人。
• 当事人对罚款决定不服的，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。

综上所述，建设工程安全生产条例的罚款由负有安全生产监督管理职责的部门负责执行。这些部门依据法律法规对违反安全生产条例的行为进行查处，并依法作出罚款等行政处罚，以确保建设工程的安全生产。如有进一步需要，您可以继续咨询我。