建筑施工企业收到甲方的保证金后，应按照以下方式进行处理：

1. 明确保证金性质与用途：

   • 首先，要明确该保证金的性质，比如是投标保证金、履约保证金还是质量保证金等，因为不同性质的保证金有不同的处理方式和法律规定。
   • 同时，要了解保证金的具体用途，确保后续处理符合双方约定及法律法规要求。

2. 遵守合同约定：

   • 根据与甲方签订的合同或协议，严格按照约定的条款处理保证金。
   • 如果合同中有明确规定保证金的收取、使用、退还等条件，应严格按照执行。

3. 设立专户管理：

   • 建议为保证金设立专门的银行账户进行管理，确保资金的清晰、透明。
   • 这样做既方便后续的资金核对与审计，也能有效防止资金被挪用或混淆。

4. 合规使用与退还：

   • 在保证金的使用过程中，应确保符合相关法律法规及行业规范。
   • 当达到合同约定的退还条件时，应及时、足额地将保证金退还给甲方，避免产生不必要的纠纷。

5. 完善财务记录与凭证：

   • 对于保证金的收取、使用、退还等每一个环节，都应建立完善的财务记录和凭证。
   • 这些记录和凭证不仅是企业合规管理的必要部分，也是解决未来可能纠纷的重要依据。

综上所述，建筑施工企业收到甲方的保证金后，应明确保证金性质与用途、遵守合同约定、设立专户管理、合规使用与退还，并完善财务记录与凭证。这样做既能确保资金的合规使用，也能有效维护企业与甲方之间的良好合作关系。如果您在处理保证金过程中遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询。