建筑公司收到甲方的履约金后，应按照以下步骤处理，并需注意相关法律风险：

1. 确认履约金的性质与合同约定
   首先需明确履约金在合同中的具体定义（如定金、保证金、押金等），不同性质涉及不同法律后果：

   • 若为定金：需适用《民法典》第586-588条，甲方违约时建筑公司可没收定金，但自身违约需双倍返还；
     
   • 若为履约保证金：通常作为合同履行的担保，合同终止后应无息退还（除非合同明确约定违约扣减条款）；
     
   • 若为押金：性质类似保证金，但需注意合同是否约定押金抵扣损失的具体情形。
     建议：立即核对合同条款，确认履约金的金额、支付方式、退还条件及违约责任，避免因条款模糊引发纠纷。

2. 履行合同义务与证据留存
   建筑公司收取履约金后，需严格按合同约定履行义务（如按时开工、保证工程质量等），否则可能面临：

   • 甲方依据合同主张违约金或赔偿损失；
     
   • 若履约金性质为定金，可能被没收或需双倍返还；
     
   • 行政主管部门可能因合同违规介入调查（如涉及建设工程许可、资金监管等）。
     建议：建立履约台账，保存施工日志、验收报告、沟通记录等证据，以备争议时证明自身履约情况。

3. 处理履约金的退还或扣减
   合同终止或履行完毕后，建筑公司需根据合同约定及实际履约情况处理履约金：

   • 无违约情形：应全额退还履约金（或按合同约定抵扣最后一期款项后退还余额）；
     
   • 甲方违约：若合同约定违约时履约金不予退还，可主张没收；若未约定，需通过协商或诉讼主张赔偿；
     
   • 建筑公司违约：需按合同约定返还履约金，并可能承担额外赔偿责任。
     注意：若合同未约定退还时间，应在合理期限内退还（通常不超过30日），否则可能构成不当得利。

4. 法律风险防范

   • 合同条款审查：确保合同明确履约金的性质、金额、退还条件及违约责任，避免使用“诚意金”“预付款”等模糊表述；
     
   • 资金监管：若履约金金额较大，可建议通过银行共管账户或第三方托管方式管理，降低资金挪用风险；
     
   • 争议解决机制：在合同中约定仲裁或诉讼管辖地，明确争议解决方式，提高纠纷处理效率。
     

总结：建筑公司收到履约金后，应首先确认合同条款，严格履行义务并留存证据，合同终止后按约定处理资金，同时通过完善合同条款和资金监管防范法律风险。如有具体合同条款或履约争议，可进一步提供细节，我将结合《民法典》及建设工程领域法规为您详细分析。