未经竣工验收投入使用，主体责任应由建设单位承担。具体分析如下：

一. 主体责任归属

• 根据《建设工程质量管理条例》的相关规定，建设单位在建设工程中承担主导责任，包括组织竣工验收等关键环节。若建设单位未组织竣工验收就擅自交付使用，将承担相应的法律责任。

二. 具体法规依据

• 《建设工程质量管理条例》第五十八条明确规定：“违反本条例规定，建设单位有下列行为之一的，责令改正，处工程合同价款2%以上4%以下的罚款；造成损失的，依法承担赔偿责任：（一）未组织竣工验收，擅自交付使用的……”。此条款直接指出了建设单位在未组织竣工验收就擅自交付使用时的法律责任。

三. 竣工验收的重要性

• 竣工验收是建设工程完成后的必要环节，它确保了工程符合设计要求和质量标准，是工程可以安全、合法使用的前提。根据《中华人民共和国建筑法》和《建设工程质量管理条例》的相关规定，建设工程必须经验收合格后，方可交付使用。

四. 实际案例理解

• 以某商业楼为例，若开发商（建设单位）在楼盘未通过竣工验收的情况下就擅自将房屋交付给购房者使用，那么一旦因此出现质量问题或安全事故，开发商将承担主体责任，包括赔偿购房者损失、接受行政处罚等。

综上所述，未经竣工验收投入使用，主体责任明确由建设单位承担。这不仅符合法律法规的明确规定，也体现了建设单位在建设工程中的主导地位和应承担的责任。如有进一步需要，您可以继续咨询我。