项目未竣工验收但已投入使用，这一行为违反了多项法律法规的规定，将面临一系列法律后果和风险。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、法律依据与违法性认定
《中华人民共和国建筑法》第六十一条：
- 规定交付竣工验收的建筑工程必须符合规定的建筑工程质量标准，并具备完整的工程技术经济资料、经签署的工程保修书及其他竣工条件。建筑工程必须经验收合格后方可交付使用，未经验收或验收不合格的，不得交付使用。这一条款明确指出了未竣工验收擅自投入使用行为的违法性。
《建设工程质量管理条例》第十六条与第五十八条：
- 第十六条规定建设单位在收到建设工程竣工报告后，应组织相关单位进行竣工验收，并列举了验收应具备的条件。
- 第五十八条则明确规定了未组织竣工验收、擅自交付使用，或验收不合格擅自交付使用，或对不合格的建设工程按合格工程验收的行为，将受到责令改正、罚款及承担赔偿责任的处罚。
二、法律后果与风险
行政处罚：
- 根据《建设工程质量管理条例》第五十八条，建设单位未组织竣工验收或擅自交付使用不合格工程的，将被责令改正，并处以工程合同价款2%以上4%以下的罚款。若造成损失，还需依法承担赔偿责任。
民事赔偿：
- 若未竣工验收擅自投入使用的行为导致损失，如工程质量问题引发的人员伤亡或财产损失，建设单位需依法承担民事赔偿责任。
合同违约：
- 若施工合同中明确规定了竣工验收条款，未经竣工验收即使用工程将构成合同违约，建设单位需承担违约责任，如支付违约金或赔偿损失等。
安全风险与信誉损失：
- 未经竣工验收的工程可能存在安全隐患，导致人员伤亡和财产损失，建设单位需承担相应的赔偿责任。同时，此行为将对建设单位声誉造成负面影响，影响未来业务合作。
三、特殊情形下的责任划分
地基基础和主体结构质量问题：
- 无论建设单位是否擅自使用工程，承包人都应在合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。这是基于工程质量安全的特殊考虑。
一般质量问题：
- 建设单位擅自使用后，再以质量不符合约定为由主张权利的，法院通常不予支持。这被视为建设单位对工程质量的认可，但这一原则不适用于地基基础和主体结构质量问题。
四、建议与措施
严格遵守法律法规：
- 建设单位应严格遵守相关法律法规和合同约定，确保建设工程经过正规的竣工验收程序后再投入使用。这是遵守法律、规避风险的需要，更是对公共安全和自身利益的负责。
及时补办验收手续：
- 如已擅自使用未经竣工验收的工程，应立即停止使用并尽快补办相关手续，以确保工程的合法性和安全性。同时，应积极配合相关部门进行调查和处理，以减轻可能的法律后果。
加强工程质量监管：
- 建设单位应加强对工程质量的监管力度，确保工程在施工过程中符合相关标准和规范。这有助于减少质量问题的发生，降低法律风险。
综上所述，项目未竣工验收但已投入使用是违法的行为，将面临行政处罚、民事赔偿、合同违约以及安全风险与信誉损失等多重法律后果。因此，我强烈建议建设单位严格遵守相关法律法规和合同约定，确保工程经过正规的竣工验收程序后再投入使用。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。