配偶父亲醉驾被拘役三个月是会留下案底的。

在我国，醉驾属于危险驾驶罪，是刑事犯罪的一种。当配偶的父亲因醉驾被拘役三个月时，这一犯罪记录（即案底）会被记录在个人的刑事档案中。案底是指一个人过去犯法或犯罪行为的记录，又称犯罪人员犯罪记录制度，在我国法律中一般指有过刑事犯罪前科的档案记录，而该犯罪档案一般存放至公安部门与相关国家机关。

因此，配偶父亲因醉驾被拘役三个月，是会在其刑事档案中留下案底的。这一案底可能会对其未来的某些活动或权益产生一定的影响，例如在某些职业申请、公务员招录、入党等政审环节中，可能需要如实报告或受到一定的限制。如需进一步了解相关法律规定或咨询具体影响，可直接向我提问。