结论：父亲被拘留过三个月，是否会有案底，这主要取决于拘留的性质。如果是行政拘留，通常不会有案底；但如果是刑事拘留且后续被法院判决有罪，则会有案底。

分析说明：

1. 行政拘留：

   • 性质：行政拘留是公安机关对违反治安管理行为人依法采取的短期限制人身自由的行政处罚措施。
   • 案底影响：行政拘留不属于刑事犯罪，因此通常不会留下案底。但需要注意的是，行政拘留的记录会在公安机关内部留存，作为对个人违法行为的记录，但这并不等同于刑事案底。
   • 举例：如果父亲因违反治安管理（如打架斗殴、扰乱公共秩序等）被行政拘留三个月，那么这段经历通常不会在他的刑事记录中留下痕迹。

2. 刑事拘留：

   • 性质：刑事拘留是公安机关在侦查过程中，对现行犯或者重大嫌疑分子依法采取的临时限制人身自由的强制措施。
   • 案底影响：如果父亲被刑事拘留后，案件进入刑事诉讼程序，并且最终被法院判决有罪，那么他就会留下刑事案底。这个案底会记录在他的个人档案中，对未来的就业、出国、政审等方面可能产生不利影响。
   • 举例：如果父亲因涉嫌犯罪（如盗窃、诈骗等）被刑事拘留三个月，并且后续被法院判决有罪，那么这段经历就会成为他的刑事案底。

特殊情况：

• 刑事拘留后无罪释放：如果父亲被刑事拘留后，经过侦查、审查起诉和审判等程序，最终被法院判决无罪或者案件被撤销、不起诉等，那么他通常不会留下刑事案底。但需要注意的是，刑事拘留的记录可能仍然会在公安机关内部留存一段时间。

建议与行动：

• 了解拘留性质：首先，你需要了解父亲被拘留的具体性质，是行政拘留还是刑事拘留。这可以通过向公安机关查询或者咨询专业律师来获取。
• 关注案件进展：如果父亲被刑事拘留，你需要密切关注案件的进展情况，包括侦查、审查起诉和审判等阶段。如果案件最终被判决无罪或者撤销、不起诉等，你可以及时申请删除相关记录（如果可能的话）。
• 咨询专业律师：如果你对父亲被拘留的情况有任何疑问或者需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。