针对“公司业务违法公司运营怎么处理”的问题，以下是一些详细的解答和建议：
首先，公司应明确其业务活动中存在的违法行为，因为不同类型的违法行为会有不同的法律后果和处理方式。以下是一些常见的违法行为及其可能的法律后果：
违反登记管理规定：
- 如虚报注册资本，公司登记机关会责令改正，并可能处以罚款。
- 情节严重的，公司登记机关还可能撤销公司登记或者吊销营业执照。
违反行业特定经营许可规定：
- 许可部门会责令公司限期改正，并可能没收违法所得，同时处以罚款。
- 情节严重的，还可能吊销公司的经营许可证。
涉及不正当竞争等违规行为：
- 市场监管部门会进行查处，责令公司停止违法行为，没收违法所得，并处以罚款。
- 如果构成犯罪，还会依法追究刑事责任。
公司内部人员违规操作：
- 如果公司内部人员的违规操作给公司造成了损失，这些人员需要承担相应的责任。
- 公司应及时进行内部调查，明确责任，并采取必要的整改措施。
在处理这些违法行为时，公司应采取以下措施：
- 及时整改：一旦发现违法行为，公司应立即停止，并积极采取措施进行整改，以符合相关法律法规的要求。
- 配合调查：如果相关监管部门介入调查，公司应积极配合，提供必要的资料和信息，以便监管部门能够准确了解违法情况并作出相应处理。
- 加强内部管理：公司应建立健全内部管理制度，明确各部门的职责和权限，加强对员工的管理和培训，确保公司业务的合法性和规范性。
- 寻求法律帮助：如果公司面临复杂的法律问题或纠纷，应及时寻求专业的法律帮助，以便更好地维护公司的合法权益。
总之，公司在处理业务违法问题时，应秉持诚信、合法的原则，积极采取措施进行整改和配合调查，以确保公司的长期稳健发展。同时，加强内部管理和寻求法律帮助也是必不可少的环节。