在刑事案件或行政纠纷中，案件超期通常指的是办案机关未能在法定的办案期限内完成案件的办理。此时，需要扣除的法定时限主要包括以下几种：
法定节假日：根据《刑事诉讼法》等相关法律规定，法定节假日不计入办案期限。因此，在计算案件是否超期时，应首先扣除法定节假日的时间。
鉴定时间：如果案件需要进行鉴定，如伤情鉴定、物证鉴定等，那么鉴定所需的时间也不计入办案期限。这是因为鉴定是案件办理过程中的必要环节，且鉴定时间的长短往往由鉴定机构和鉴定事项的复杂性决定，不可控因素较多。
延期审理的时间：在刑事诉讼中，如果遇到特定情况，如被告人脱逃、疾病等，法院可以决定延期审理。延期审理的时间也不计入办案期限。
中止审理的时间：同样在刑事诉讼中，如果案件出现特定情形，如被告人患有严重疾病无法出庭，或者案件需要等待其他案件的结果作为依据等，法院可以裁定中止审理。中止审理的时间同样不计入办案期限。
其他法定事由：除了上述几种情况外，还可能存在其他法定事由导致办案期限的延长或扣除。这些事由通常会在相关法律条文中明确规定。
需要注意的是，案件超期并不必然导致办案机关承担法律责任。在某些情况下，如案件复杂、证据收集困难等，办案机关可能需要更长的时间来办理案件。因此，在判断案件是否超期时，应综合考虑各种因素，并依据相关法律规定进行具体判断。
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