约定收到发票后90日内付款是有效的。这种约定在商业合同中非常常见，通常被视为一种合法的付款条款。以下是对这一约定的详细解释：

1. 合同自由原则：根据合同自由原则，当事人有权在合同中自由约定付款条件和时间。因此，只要双方自愿并明确约定在收到发票后的90日内付款，这一条款就是有效的，对双方都具有约束力。

2. 付款期限的明确性：约定收到发票后90日内付款，为付款设定了一个明确的时间限制。这有助于确保交易的及时性和效率，避免因为付款时间不明确而产生的纠纷。

3. 商业惯例：在商业实践中，类似的付款条款被广泛采用。这种约定符合商业惯例，有助于维护商业秩序和交易稳定。

4. 法律效力：只要该约定不违反法律法规的强制性规定，也不存在其他导致合同无效的情形（如欺诈、胁迫等），那么这一约定就具有法律效力。如果一方违反约定，另一方可以依法追究其违约责任。

综上所述，约定收到发票后90日内付款是有效的，对双方都具有法律约束力。如果在实际操作中遇到相关问题或纠纷，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。