合同开票后未付款，合同本身仍然有效，但付款义务的履行存在问题，需根据具体情况分析后续处理方式。以下从不同角度展开说明：

1. 合同效力角度
   合同的有效性取决于其是否满足《民法典》规定的生效要件（如双方意思表示真实、内容合法、不违背公序良俗等）。开票是合同履行中的附随义务（如税务合规要求），而付款是主合同义务。即使买方未付款，只要合同本身无无效情形，合同仍有效，卖方仍有权要求买方履行付款义务。

2. 付款义务履行角度

   • 若合同明确约定“先票后款”：即卖方开具发票是买方付款的前提条件，此时买方有权以“未收到发票”为由暂缓付款，但需在收到发票后及时支付。若卖方已开票而买方仍拒付，可能构成违约，卖方可通过诉讼或仲裁要求付款并主张违约金。
     
   • 若合同未约定付款与开票的顺序：根据《民法典》第五百二十六条，买方应先履行付款义务，卖方后履行开票义务。此时买方以“未开票”为由拒付缺乏法律依据，卖方可直接要求付款，并可同步起诉要求买方承担逾期付款利息或违约金。

3. 税务与法律风险角度

   • 卖方风险：若卖方已开票但未收到款项，需按税法规定申报收入并缴纳税款，否则可能面临税务处罚。建议卖方在合同中约定“开票不视为付款完成”，并保留付款凭证（如银行流水、收据等）以证明实际收款情况。
     
   • 买方风险：若买方恶意利用“先票后款”条款拖延付款，可能被认定为滥用权利，需承担违约责任。此外，若买方未实际付款却抵扣进项税，可能涉嫌虚开发票，需承担刑事责任。

4. 实务建议

   • 合同条款设计：明确约定付款与开票的顺序、时间节点及违约责任（如逾期付款的日万分之五违约金），避免歧义。
     
   • 证据保留：卖方应保留合同、送货单、对账单、发票签收记录等证据，以证明已履行交货及开票义务；买方应保留付款凭证以证明已履行付款义务。
     
   • 争议解决：若协商无果，卖方可向法院起诉或申请仲裁，要求买方付款并赔偿损失；买方若认为卖方未履行开票义务，可反诉或另案主张权利。

总结：合同开票后未付款不影响合同效力，但需根据合同约定及法律规定确定付款义务的履行顺序。建议双方在合同中明确条款，并在履行过程中保留证据，以降低纠纷风险。如有具体案件，可进一步提供合同条款及履行细节，以便精准分析。