父亲有多名子女，将房产留给长子是合法的。下面我详细为您解释：
在法律上，父母有权决定自己财产的分配方式，包括房产。如果父亲明确表示将房产留给长子，并且这一意愿以合法的方式（如遗嘱）进行表达，那么这一行为是完全合法的。
遗嘱的合法性：父亲可以通过立遗嘱的方式，明确指定房产的继承人。只要遗嘱的内容合法，形式符合法律规定（如书面、签名、见证等要求），且父亲在立遗嘱时具有完全民事行为能力，那么这份遗嘱就是有效的。长子根据遗嘱继承房产，就得到了法律上的支持和保护。
其他子女的权利：虽然父亲有权将房产留给长子，但其他子女在法定继承的情况下通常也享有一定的继承权。然而，如果父亲通过遗嘱明确排除了其他子女的继承权，且遗嘱合法有效，那么其他子女就无法再对房产提出继承要求。
特殊情况的处理：在某些特殊情况下，如长子存在虐待、遗弃被继承人等严重行为，或者遗嘱存在无效、被撤销等情形，那么其他子女可能有机会根据法律规定主张自己的继承权。但这些都需要具体案件具体分析，不能一概而论。
综上所述，父亲将房产留给长子是合法的，前提是他有权处分该房产，且立遗嘱的过程符合法律规定。如果您或您的家人对此类问题有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。