工程合同中约定审计保证金是合法的。但具体是否合法，还需根据合同的具体内容以及相关法律法规来判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 审计保证金的性质：

   • 审计保证金通常是为了确保工程质量和合同履行而设立的一种保证金形式。
   • 它在工程合同中作为一种履约担保措施，旨在约束承包方按照合同约定完成工程，并在工程竣工后接受审计。

2. 合法性的判断依据：

   • 根据《中华人民共和国合同法》及相关法律法规，合同双方可以在平等、自愿的基础上，就合同的条款进行协商并达成一致。
   • 因此，只要审计保证金的约定不违反法律法规的强制性规定，且双方意思表示真实，该约定即具有法律效力。

3. 实践中的注意事项：

   • 在约定审计保证金时，应明确保证金的金额、支付方式、返还条件以及违约责任等关键条款。
   • 承包方应确保自身具备履行合同的能力和条件，以避免因无法履行合同而导致保证金被扣除或承担其他违约责任。
   • 发包方也应按照合同约定，及时、足额地支付保证金，并在工程竣工且符合约定条件时，按照约定返还保证金。

4. 可能的风险与应对：

   • 若审计保证金的约定存在模糊不清或显失公平的情况，可能会引发双方之间的争议。
   • 为避免此类风险，建议在签订合同时，双方应充分协商并明确约定相关条款，必要时可寻求专业律师的协助。

综上所述，工程合同中约定审计保证金是合法的，但具体条款的设定需符合法律法规的要求，并确保双方意思表示真实、明确。如有任何疑问或争议，建议及时向我咨询，以便得到专业的法律解答和建议。