店里做活动时系统未扣款，应当退还给顾客。以下是对此问题的详细分析：

一. 消费者权益保护法相关规定

根据《中华人民共和国消费者权益保护法》的相关规定，消费者在购买商品或接受服务时，享有公平交易的权利。如果因为商家系统问题导致未扣款，这实际上构成了商家未完全履行交易义务的情况。在这种情况下，商家应当采取补救措施，以确保消费者的权益不受损害。

二. 退款义务

1. 系统错误导致的未扣款：如果是因为店里做活动时系统出现错误，导致顾客购买商品或服务后未扣款，这并非顾客的主观意愿。因此，商家有义务对系统进行修复，并退还因系统错误而未扣除的款项给顾客。

2. 公平交易原则：商家在经营活动中应当遵循公平、诚实信用的原则。系统未扣款显然违背了这一原则，因为顾客在没有支付相应款项的情况下获得了商品或服务。因此，商家应当主动退还这笔款项，以恢复交易的公平性。

三. 实际操作建议

1. 核实情况：商家在接到顾客反映系统未扣款的问题后，应当首先核实情况，确认是否存在系统错误导致的未扣款。

2. 及时退款：一旦确认存在系统错误导致的未扣款问题，商家应当立即采取措施进行退款，确保顾客的权益不受损害。

3. 改进系统：商家还应当对系统进行全面检查和改进，以防止类似问题的再次发生。

四. 结论与建议

综上所述，店里做活动时系统未扣款，商家应当主动退还这笔款项给顾客。这不仅是对消费者权益的尊重和保护，也是商家遵循公平交易原则和诚实信用原则的具体体现。我的建议是，商家应当尽快核实情况并采取退款措施，同时加强系统维护和改进工作。如有进一步需要，您可以继续咨询我。