当党员被刑事立案并接受司法机关调查时，其处理流程需严格遵循党纪国法，确保处理的公正性和严肃性。以下是对此情况的具体处理步骤和注意事项的详细解答：
一、初步核实与立案审查
线索受理：
- 纪检机关在收到反映党员涉嫌犯罪的线索后，会进行初步核实，以判断是否存在违纪事实及是否需要追究党纪责任。
立案审查：
- 若初步核实认为存在严重违纪且可能构成犯罪，纪检机关将正式立案审查，案件由此进入正式调查阶段。
二、移送司法机关处理
移送条件：
- 经调查发现党员确实涉嫌犯罪，纪检机关会将案件材料移送至同级人民检察院或公安机关，并附相关证据材料及处理建议。
司法程序启动：
- 司法机关接收案件后，将依法开展侦查、起诉等刑事诉讼活动。在此期间，纪检机关可配合提供必要的协助。
三、党纪处分决定与执行
处分依据：
- 根据《中国共产党纪律处分条例》，党员被判处刑罚的，通常应给予开除党籍处分。若因过失犯罪被判处三年以下（含）有期徒刑且表现良好，可酌情保留党籍。
处分程序：
- 司法机关作出有罪判决后，纪检机关即启动党纪处分程序。
- 经集体审议形成处分意见，并报上级党委或纪委批准。
- 通过书面通知告知受处分党员其权利救济途径。
执行要求：
- 处分决定自批准之日起生效，并需在一个月内向受处分党员所在党组织宣布并执行。
四、后续管理与教育
组织关系处理：
- 被开除党籍者需办理组织关系转出手续，其政治权利将按法律规定执行。
警示教育：
- 案发单位需召开专题会议通报案情，开展廉政教育活动，并完善相关制度以防范类似问题再次发生。
五、特殊情形处理
中止审理情形：
- 若案件审理过程中出现被告人死亡等特殊情形，司法机关将依法裁定终止审理。此时，纪检机关也会同步终止党纪处理程序。
申诉复核渠道：
- 受处分党员对处分决定不服的，可在规定期限内向作出决定的党组织或其上级机关提出申诉。相关机关将依规进行复核并反馈结果。
注意事项
- 在处理过程中，应严格遵循法律程序，确保党员的合法权益得到保障。
- 纪检机关在配合司法机关调查的同时，也应对党员的其他严重违纪行为进行调查和处理。
- 对于司法机关的生效判决、裁定和决定，党组织应作为党纪处分的重要依据，并据此作出相应的处理决定。
综上所述，当党员被刑事立案并接受司法机关调查时，应严格按照上述流程进行处理，以确保处理的公正性、严肃性和合法性。