当工伤员工不配合治疗时，用人单位应当采取一系列措施来妥善处理这一情况。以下是我给出的具体建议：

1. 积极沟通，了解原因：

   • 首先，用人单位应主动与员工进行沟通，深入了解其不配合治疗的具体原因。可能是员工对治疗方案有疑虑，或者存在经济方面的担忧等。
   • 通过耐心倾听和真诚交流，尝试找到解决问题的办法，并让员工认识到配合治疗的重要性。

2. 发出书面通知，明确后果：

   • 以正式的书面形式，详细且明确地告知员工工伤治疗对于其康复以及后续权益保障的重要性。
   • 清晰阐述不配合治疗可能带来的一系列后果，如影响工伤认定、待遇支付等，并妥善保留好这份通知的记录。

3. 注意证据保留：

   • 收集并妥善保存员工的就医记录、双方的沟通记录等相关资料。
   • 这些证据在后续可能出现的法律纠纷中将发挥至关重要的作用，能为用人单位提供有力支撑。

4. 依规采取进一步措施：

   • 若员工依旧不配合治疗，用人单位可依据工伤认定结果以及相关法律法规，谨慎考虑是否暂停支付工伤待遇等。
   • 但要确保自身已尽到合理的管理和通知义务，以避免法律风险。

5. 法律层面分析：

   • 从法律层面来讲，工伤赔偿责任一般是由用人单位来承担的。
   • 然而，员工不配合治疗的行为可能会对伤残等级的认定以及赔偿金额的确定产生重大影响。
   • 如果员工不配合治疗导致伤情恶化，伤残程度加重，那么对于加重部分的赔偿责任，需要进行严谨的认定和合理的划分。

综上所述，即使员工不配合治疗，用人单位仍需依法承担工伤赔偿责任，但在赔偿金额等方面可能会受到一定影响。因此，用人单位在处理此类情况时，应既注重人文关怀，又确保合法合规，以维护双方的合法权益。