是的，国自然面上项目的承诺书在提交时，如果涉及合作单位，合作单位的公章需要在提交时就已经盖好。以下是对此问题的详细分析：

一. 国自然面上项目承诺书的基本要求

根据公开发布的信息，国自然面上项目的承诺书是项目申请的重要组成部分，需要申请人及参与者、申请单位签署承诺，以表明对申请书内容的真实性、合规性及科研诚信的承诺。

二. 合作单位公章的盖章要求

1. 盖章时机：对于涉及合作单位的项目，合作单位的公章需要在提交承诺书时就已经盖好。这通常意味着在准备纸质版材料时，合作单位的公章就需要加盖在承诺书上。

2. 盖章位置：合作单位的公章一般加盖在承诺书的合作单位签字盖章页上，以表明合作单位对承诺内容的认可和同意。

三. 盖章流程与注意事项

1. 盖章流程：

   • 申请人与合作单位就项目合作事宜达成一致后，签署合作协议（如有经费外拨）。
   • 合作单位在承诺书上加盖公章，通常由合作单位的法定代表人或授权代表签字并加盖单位公章。
   • 申请人将盖好公章的承诺书与其他申请材料一起提交至依托单位。

2. 注意事项：

   • 确保公章名称与申请书中填写的合作单位名称一致。
   • 提前与合作单位沟通好盖章事宜，避免因盖章不及时而耽误项目申请。

四. 法律依据

虽然具体的法律法规可能未直接规定国自然面上项目承诺书的盖章要求，但根据《中华人民共和国合同法》及相关法律法规，合同（包括承诺书）的成立需要当事人签字或盖章。在国自然面上项目申请中，承诺书作为一种承诺形式，同样需要遵循相关法律法规的规定，确保签字盖章的合法性和有效性。

我的观点：对于国自然面上项目的承诺书，如果涉及合作单位，合作单位的公章必须在提交时就已经盖好。这是确保项目申请合规性、真实性和科研诚信的重要环节。申请人应提前与合作单位沟通好盖章事宜，避免因盖章问题而影响项目申请。如有进一步需要，您可以继续咨询我。