外国人非法居留超过三个月，将面临警告及罚款或拘留的处罚。具体分析如下：

一. 非法居留的处罚规定

• 根据《中华人民共和国出境入境管理法》第七十八条，外国人非法居留的，首先会给予警告。
• 情节严重的，将处每非法居留一日五百元，总额不超过一万元的罚款，或者五日以上十五日以下拘留。

二. 非法居留超过三个月的处理

• 非法居留超过三个月显然属于情节严重的情形，因此，该外国人将面临罚款或拘留的处罚。
• 罚款的具体数额将根据非法居留的天数计算，但总额不会超过一万元。
• 若选择拘留，则拘留期限将在五日以上十五日以下。

三. 特殊情况的处理

• 如果非法居留的外国人未满十六周岁，且其监护人或其他负有监护责任的人未尽到监护义务，那么监护人或其他负有监护责任的人也将受到警告，并可能被并处一千元以下罚款。

我建议，如果您或您认识的人面临非法居留的问题，应尽快与相关部门联系，了解具体的处罚措施，并积极配合处理。同时，也应注意遵守我国的出入境管理法规，避免非法居留的情况发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。