人防单位检查小区人防工程是合法的。以下是具体的分析：

一. 人防工程的重要性及检查合法性

1. 人防工程的重要性：人防工程是为保障战时人员与物资掩蔽、人民防空指挥、医疗救护而修建的地下防护建筑，是国防建设的重要组成部分，具有极其重要的战略意义。
2. 检查合法性：根据《中华人民共和国人民防空法》及相关地方性法规，人防单位有权对人防工程进行检查，以确保其处于良好状态，能够在需要时发挥应有的作用。这种检查是合法的，也是必要的。

二. 相关法律依据

1. 《中华人民共和国人民防空法》第九条：国家保护人民防空设施不受侵害。禁止任何组织或者个人破坏、侵占人民防空设施。这一条款明确了国家对人防设施的保护态度，也间接说明了人防单位进行检查的合法性。
2. 《中华人民共和国人民防空法》第四十九条：对于侵占、破坏人防工程等行为，由县级以上人民政府人民防空主管部门给予警告、罚款等处罚。这一条款进一步强调了人防主管部门对人防工程的监管权力，包括进行检查和处罚违法行为的权力。

三. 实际案例

• 例如，在德清县，综合行政执法局协同人防单位开展人防工程“双随机、一公开”行政检查，确保人防工程在关键时刻能够发挥应有作用。这体现了人防单位检查人防工程的合法性和实践中的操作。

综上所述，人防单位检查小区人防工程是合法的，这是基于人防工程的重要性以及相关法律法规的明确规定。通过检查，可以确保人防工程处于良好状态，为国家和人民的安全提供有力保障。如有进一步需要，您可以继续咨询我。