劳动合同解除补偿金低于法定标准，若该协议是双方真实意思表示且已履行，通常认定为有效，但劳动者有权要求用人单位补足差额，协商不成可申请仲裁。

一. 协议的有效性

1. 合法协商：根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释(一)》第三十五条，法律允许企业与劳动者就经济补偿金进行协商。若禁止经济补偿金的协商行为，则该法条无存在之必要性。因此，双方约定的补偿金标准，只要不存在欺诈、胁迫或乘人之危等情形，且已履行完毕，应系合法有效。
2. 诚实信用：双方经过协商，自愿约定的解除劳动关系经济补偿数额，并未违反法律强制性规定。若劳动者在协议履行后反悔，申请劳动仲裁，有违诚实信用原则。

二. 补偿金低于法定标准的处理

1. 要求补足：尽管协议有效，但若补偿金确实低于《劳动合同法》第四十七条规定的标准，劳动者有权要求用人单位补足差额。
2. 申请仲裁：若用人单位拒绝补足差额，劳动者可以向劳动争议仲裁机构申请仲裁，仲裁时需提供劳动合同、工资支付记录、解除劳动合同的相关证据等，以维护自己的合法权益。

三. 特殊情形

• 在用人单位被依法宣告破产、被吊销营业执照、责令关闭、撤销或者用人单位决定提前解散而终止劳动合同的情况下，即使补偿金低于法定标准，但只要是双方真实意思表示且已履行，同样认定为有效。但劳动者仍有权要求按照法定标准补足差额。

我建议：劳动者在签订解除劳动合同协议时，应仔细核对补偿金标准，确保不低于法定标准。若已签订且发现补偿金低于法定标准，应及时与用人单位沟通，要求补足差额。如有进一步需要，您可以继续咨询我。