二类机械企业可以实行综合工时制度。以下是对此问题的详细分析：

一. 综合工时制度的合法性

根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，并没有明确禁止综合工时制，而是要求用人单位遵守国家关于工作时间和休息休假的规定。因此，在符合法律规定的前提下，实行综合工时制是合法的。

二. 综合工时制度的适用范围

综合工时制通常适用于那些因工作性质或生产特点不能实行标准工时制度的行业和岗位。例如，交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中因工作性质特殊，需连续作业的职工；地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工等，可以实行综合计算工时工作制。

二类机械企业作为再加工制造行业，如果其生产特点符合上述条件，即因工作性质或生产特点不能实行标准工时制度，那么理论上是可以实行综合工时制度的。

三. 实行综合工时制的条件

虽然综合工时制是合法的，但并非所有企业和岗位都可以随意实行。企业需要符合一定的条件，如因生产经营特点无法实行标准工时制，且需要经过劳动保障行政部门的批准。此外，企业还需确保劳动者的休息权利和身体健康，合理安排工作时间和休息时间。

因此，二类机械企业如果想要实行综合工时制度，需要满足上述条件，并向当地劳动保障行政部门申请批准。

四. 综合工时制度的执行与加班计算

在综合计算周期内，如果某一具体日（或周）的实际工作时间超过法定标准工作时间，超过部分应视为加班，并按照《劳动法》第四十四条的规定支付加班费。这意味着，即使实行综合工时制度，企业也不能忽视劳动者的休息权和加班费权益。

综上所述，二类机械企业在符合一定条件和程序的前提下，是可以实行综合工时制度的。但务必确保劳动者的休息权利和身体健康，并严格按照法律规定执行加班计算与支付加班费。如有进一步需要，您可以继续咨询我。