股东个人借款长期未归还，公司应依据相关法律法规和公司治理规定，采取综合措施进行处理，以确保公司权益。
一. 税务与民事法律处理
税务处理：
- 根据税法规定，个人投资者从企业借款，在纳税年度终了后既不归还也未用于企业生产经营的，该借款可能被视为企业对个人的红利分配，需按“利息、股息、红利所得”项目计征个人所得税。因此，公司应代扣代缴相应的个人所得税，以避免税务风险。
民事法律处理：
- 若公司与股东签订了借款协议，公司可依据《民法典》第五百七十七条和第五百八十四条的规定，要求股东继续履行还款义务，或采取补救措施，或赔偿损失。赔偿金额应相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违约一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失。
- 处理方式：首先尝试与股东协商，了解还款困难原因，共同制定还款计划。若协商无果，可通过调解、仲裁或诉讼等方式解决纠纷。
二. 公司治理与内部处理
公司治理：
- 根据《公司法》及公司章程规定，公司可召开股东会，就股东借款长期未还的问题进行讨论和决议，要求股东限期归还借款。
- 若股东行为严重影响公司经营或损害公司利益，公司可考虑限制其股东权利，如表决权、分红权等，或要求其转让股权以偿还借款。
内部处理：
- 公司应完善内部借款管理制度，明确借款审批流程、还款期限及违约责任等，以避免类似情况再次发生。
- 对于已发生的借款未还情况，公司应建立催收机制，定期向股东发送催款通知，并保留相关证据。
三. 综合建议
- 保持冷静和理智：在处理过程中，公司应保持冷静和理智，既要保护自身权益，也要尽量避免关系僵化。
- 积极沟通：与股东进行积极沟通是解决问题的关键，尽量通过协商达成双方都能接受的解决方案。
- 法律手段：若需采取法律手段，应提前收集好所有相关证据，确保诉求得到支持。同时，应注意诉讼时效问题，避免权利丧失。
综上所述，股东个人借款长期未归还，公司应综合考虑税务、民事法律、公司治理及内部处理等多方面因素，采取合法合规的措施进行处理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。