股东借款年底未归还，第二年归还时，为确保合法合规，可按以下方式处理：

1. 完善借款合同与还款计划

   • 核心前提：股东借款应基于合法有效的借款合同，明确借款金额、期限、利率（如有）、还款方式等关键条款。
     
   • 操作建议：
     
     • 若原合同已到期未归还，建议与股东重新签订补充协议，明确第二年还款的具体时间、方式（如一次性归还或分期归还），并约定逾期还款的违约责任（如支付逾期利息、违约金等）。
       
     • 若原合同未约定还款期限，可协商补充约定，避免因期限不明引发纠纷。
       
   • 法律依据：根据《民法典》第六百七十五条，借款人应按约定期限返还借款；未约定期限的，贷款人可催告借款人在合理期限内返还。

2. 履行公司内部决策程序

   • 核心前提：股东借款可能涉及关联交易，需符合公司章程及《公司法》关于关联交易的规定。
     
   • 操作建议：
     
     • 若借款金额较大或可能影响公司利益，建议召开股东会或董事会，形成决议批准借款延期或还款计划，并留存会议记录。
       
     • 确保决策程序符合公司章程（如是否需经特定比例股东同意）及《公司法》关于关联交易回避表决的规定。
       
   • 风险提示：若未履行内部程序，可能被认定为损害公司利益，相关责任人需承担赔偿责任（《公司法》第二十一条）。

3. 税务合规处理

   • 核心前提：股东借款可能涉及增值税、企业所得税或个人所得税问题，需按税法规定处理。
     
   • 操作建议：
     
     • 增值税：若公司向股东收取利息，需按“贷款服务”缴纳增值税（一般纳税人税率为6%，小规模纳税人为3%）。
       
     • 企业所得税：公司收取的利息收入需计入应纳税所得额，缴纳企业所得税。
       
     • 个人所得税：若股东为公司自然人，借款超过一年未归还且未用于生产经营，可能被税务机关认定为“视同分红”，需按20%税率缴纳个人所得税（《财政部 国家税务总局关于规范个人投资者个人所得税征收管理的通知》财税〔2003〕158号）。
       
     • 操作细节：建议第二年还款时明确利息支付情况，并留存相关凭证（如银行转账记录、发票等），以便税务申报。

4. 避免被认定为抽逃出资

   • 核心前提：若股东借款被认定为“变相抽逃出资”，可能面临行政处罚甚至刑事责任。
     
   • 操作建议：
     
     • 确保借款行为真实、合法，与公司经营相关，且履行了内部决策程序。
       
     • 避免在借款后短期内归还，或通过虚构交易、关联方转移资金等方式掩盖借款实质。
       
     • 若公司已资不抵债或进入破产程序，股东需优先归还借款，否则可能被认定为抽逃出资（《公司法解释三》第十二条）。
       

总结：股东借款第二年归还时，需从合同完善、内部决策、税务合规、出资合法性四方面综合处理。建议提前规划还款计划，留存书面证据，并咨询专业律师或税务师协助审查，以降低法律风险。如有具体问题，可进一步向我咨询。