针对个人股东欠公司借款未还的情况，公司需要综合考虑税务、民事法律及公司治理等多方面因素，采取一系列合法且有效的措施来维护自身权益。以下是对此问题的详细分析和建议：

一、税务方面考量

1. 个人所得税风险：

   • 根据税法规定，若个人股东从公司借款，在纳税年度终了后既不归还也未用于公司生产经营，该借款可能被视为公司对个人的红利分配，需按“利息、股息、红利所得”项目计征20%的个人所得税。
   • 建议：公司应严格按规定代扣代缴个人所得税，若发现之前未代扣代缴，应立即与股东沟通，补缴税款，以避免税务风险。

2. 增值税风险：

   • 股东无偿占用公司资金，在增值税上可能被视为销售贷款服务，公司需按金融企业同期同类贷款利率计算利息收入并缴纳增值税。
   • 建议：公司与股东应签订借款协议，明确约定合理利息，并按规定计算缴纳增值税。同时，利息支出可在公司所得税前扣除。

二、民事法律途径

1. 依据公司章程处理：

   • 公司章程对股东具有约束力。若章程中有关于股东借款的规定（如借款期限、还款方式、逾期责任等），公司可据此要求股东履行还款义务。
   • 建议：首先向股东发送书面通知，提醒其借款已逾期，并要求按章程规定还款，同时告知逾期后果。

2. 借款协议追讨：

   • 若公司与股东签订了借款协议，公司可依据协议约定要求股东偿还本金及利息。
   • 处理方式：
     • 协商：与股东友好协商，了解还款困难原因，共同制定还款计划。
     • 调解：若协商无果，可邀请第三方调解机构或中间人进行调解，促进还款。
     • 仲裁/诉讼：若调解仍无果，且借款协议中约定了仲裁条款，可向仲裁机构申请仲裁；若无仲裁条款，则可向有管辖权的人民法院提起诉讼，要求股东偿还借款，并提供充分证据支持诉求。

3. 发送催款函：

   • 在采取法律行动前，公司可委托律师发送正式的催款函，明确借款金额、时间、约定的还款时间以及逾期未还的法律后果。
   • 建议：催款函是正式的法律文书，能够引起股东的重视，并为后续可能的法律诉讼保留证据。

4. 申请支付令：

   • 若借款事实清楚、债权债务关系明确，公司可向人民法院申请支付令，要求股东在规定期限内偿还借款。
   • 建议：申请支付令程序简便、快捷，能够有效实现公司债权。若股东不履行支付令，公司可直接申请强制执行。

5. 申请财产保全：

   • 在提起诉讼的同时或之后，公司可向法院申请财产保全，冻结股东的相应财产，以确保判决能够得到顺利执行。

三、公司治理措施

1. 限制股东权利：

   • 根据《公司法》及公司章程规定，对于长期不归还借款的股东，公司可限制其部分股东权利，如表决权、分红权等。
   • 建议：召开股东会，通过决议方式对股东权利进行限制，以促使其尽快还款。

2. 要求股东转让股权：

   • 在极端情况下，若股东借款行为严重影响公司经营，公司可与股东协商，要求其转让股权以偿还借款。
   • 建议：双方协商股权转让价格、方式等事项，签订股权转让协议，并按规定办理相关手续。

四、综合建议

• 保持冷静和理智：在处理过程中，公司应保持冷静和理智，既要保护自身权益，也要尽量避免关系僵化。
• 积极沟通：与股东进行积极沟通是解决问题的关键，尽量通过协商达成双方都能接受的解决方案。
• 准备充分证据：若需采取法律手段，公司应提前收集好所有相关证据，如借款合同、转账记录、催款记录等，以确保诉求得到支持。

综上所述，处理个人股东借款长期不还的问题需要综合考虑多方面因素，采取合法合规的措施。公司应优先通过协商和内部治理机制解决，若这些方法无效，则应果断采取法律途径，包括发送催款函、申请支付令、提起诉讼以及申请财产保全等，以确保公司的合法权益得到有力维护。